NVIDIA wspólnie z Google DeepMind i Europejskim Instytutem Bioinformatyki przy EMBL udostępniła przewidywane struktury 3D kompleksów białkowych ponad 2800 wirusów w otwartej bazie AlphaFold Database. Struktury zostały wygenerowane za pomocą modelu AlphaFold2 Google DeepMind zoptymalizowanego przez NVIDIA BioNeMo Inference Runtime, co umożliwiło zespołowi przeskalowanie procesu wnioskowania do tysięcy proteomów wirusowych. Nowy dataset zawiera kompleksy białkowe, czyli grupy oddziałujących na siebie białek zakodowanych w każdym wirusie.
Koalicja organizacji badawczych wychodzi z założenia, że następna pandemia może się pojawiać zupełnie niezapowiadana. Podczas COVID-19 naukowcy mieli znaczną przewagę dzięki dziesiątkom lat wcześniejszych badań nad koronawirusami, które pozwoliły im szybko poznać kluczowe białka wirusa i zaprojektować szczepionki w rekordowym tempie. Jednak przy zupełnie nowych patogenach taka przewaga może nie istnieć. Otwarte udostępnienie struktur białkowych dla tysięcy wirusów ma zmienić tę sytuację, dając naukowcom na całym świecie natychmiastowy dostęp do fundamentalnych informacji biologicznych.
NVIDIA równocześnie udostępniła również BioNeMo Structure Prediction Pipeline - przyspieszany przez GPU workflow, który został użyty do wygenerowania całego datasetu. To narzędzie pozwala naukowcom na przeprowadzanie własnych analiz i rozwijanie nowych metod badawczych. Inicjatywa stanowi przykład tego, jak kombinacja zaawansowanych modeli AI i otwartej nauki może przyspieszać globalną gotowość na zagrożenia epidemiologiczne i demokratyzować dostęp do wysokiej klasy badań biologicznych.